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La colite ulcéreuse affecte principalement la muqueuse et la sous-muqueuse, avec un infiltrat de cellules inflammatoires, des abcès de crypte et la formation d'ulcères. Les cellules de gobelet sont peu nombreuses et souvent dépourvues de mucus.
La muqueuse redondante entre les ulcères forme des pseudopolypes, la muqueuse est friable et saigne facilement au contact.
Il n'y a pas de lésions en saut.
Le rectosigmoïde est le plus souvent touché, 50 % des patients présentant une atteinte totale du côlon.
La maladie chronique entraîne un raccourcissement et un épaississement de la paroi intestinale avec perte d'haleine.
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