La coloscopie nécessite des selles de consistance fluide au moment de l'examen, ce qui est obtenu par l'administration d'une préparation intestinale Picolax 24 heures avant la coloscopie. Le patient reçoit un analgésique et un sédatif par voie intraveineuse, puis est placé en position latérale gauche, les genoux relevés. Après le toucher rectal, le coloscope est introduit.
Le coloscope est avancé le long de la lumière de l'intestin avec précaution ; si nécessaire, pour faciliter la visualisation, une insufflation intermittente peut être utilisée pour distendre le chemin à suivre.
Une fois la région sigmoïde difficile franchie, le passage est aisé le long du côlon descendant jusqu'à la flexion splénique. Le côlon transverse est de forme triangulaire. Le cæcum, comme prévu, apparaît comme une "terminaison aveugle" avec des plis muqueux proéminents. Une fois ce point atteint, le coloscope est retiré jusqu'à la zone d'intérêt afin que des procédures d'investigation ou thérapeutiques puissent être entreprises.
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