Parmi les causes possibles figurent les lésions hypoxiques de l'intestin grêle qui peuvent être associées à la pose d'un cathéter ombilical, les crises d'apnée et la septicémie. D'autres facteurs sont l'hypovolémie, la surcharge liquidienne, l'exsanguino-transfusion, la persistance du canal artériel - et le traitement à l'indométhacine - et les aliments hyperosmolaires.
L'organisme infectieux n'est pas spécifique, mais les anaérobies de l'intestin peuvent y contribuer.
Les épidémies semblent se produire dans des unités où plusieurs nouveau-nés sont touchés dans un court laps de temps, ce qui plaide en faveur d'une étiologie infectieuse.
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