Le diagnostic est suggéré cliniquement, mais il est facilité par une radiographie abdominale, qui peut révéler un aspect marbré dû à la présence de gouttelettes lipidiques dans le méconium. Cet aspect a été appelé "bulle de savon" et se situe généralement dans la fosse iliaque droite. L'intestin distal de l'obstruction est généralement petit, bien qu'il s'agisse du côlon.
Une fois le diagnostic posé, des examens complémentaires sont nécessaires pour confirmer le diagnostic sous-jacent de mucoviscidose.
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