La maladie cœliaque se caractérise par des modifications morphologiques de la muqueuse de l'intestin grêle. Celles-ci sont les plus graves au niveau proximal et s'atténuent progressivement au niveau distal.
La principale lésion de la muqueuse est une atrophie villositaire partielle ou subtotale avec une hyperplasie compensatoire des cryptes. L'atrophie est due à la destruction prématurée des entérocytes. Au début, les villosités sont remplacées par de courtes crêtes (atrophie villositaire partielle) ; plus tard, la muqueuse devient complètement plate (atrophie villositaire subtotale). Les lésions entérocytaires peuvent précéder toute modification de l'architecture villositaire. Les cryptes (de Lieberkuhn) sont allongées et présentent une activité mitotique prononcée.
Les autres caractéristiques notables sont les suivantes
Un tableau histologique comparable est observé dans la :
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