L'anémie mégaloblastique par carence en vitamine B12 doit être distinguée des autres causes d'anémie mégaloblastique, principalement une carence en folates. Ces deux causes sont généralement faciles à distinguer par l'analyse des taux sanguins de ces deux vitamines.
Il est également nécessaire de distinguer l'anémie pernicieuse des autres causes de carence en vitamine B12. Les autres causes possibles de carence en vitamine B12 sont les suivantes :
- un régime végétalien : il s'agit d'un régime dépourvu de toute viande ou de tout produit d'origine animale, par exemple le lait de vache, le fromage laitier, etc.
- une maladie gastro-intestinale : une carence en vitamine B12 peut résulter d'une maladie touchant l'iléon terminal ou d'une prolifération bactérienne dans l'intestin grêle
- maladie pancréatique : maladie pancréatique chronique ; syndrome de Zollinger-Ellison
- chirurgie antérieure : gastrectomie ou résection iléale
- causes rares de carence en vitamine B12 :
- ténia du poisson
- déficit congénital en facteur intrinsèque ou en transcobalamine II
- oxyde nitreux : inactive le facteur intrinsèque
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