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L'antithrombine est un inhibiteur de protéase à sérine qui inhibe les facteurs de coagulation suivants :
La liaison de l'héparine à l'antithrombine améliore la vitesse à laquelle l'antithrombine peut neutraliser ces facteurs prothrombotiques. In vivo, les glycosaminoglycanes présents sur les cellules endothéliales servent de catalyseurs endogènes pour l'activation de l'antithrombine.
Le déficit en antithrombine est une cause de thrombophilie.
Le cofacteur II de l'héparine est un inhibiteur distinct de la protéase à sérine qui inhibe la thrombine en présence d'héparine. Un déficit en cofacteur II de l'héparine peut provoquer une thrombophilie.
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