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L'apparition d'une PCP chez un patient est le signe que quelque chose va gravement mal ailleurs. Si elle est associée à une infection par le VIH, le taux de mortalité est de 10 % et, en termes généraux, le pronostic de survie de cette personne est de 50 % à 2 ou 3 ans.
Ce mauvais pronostic est anticipé par l'administration d'antibiotiques prophylactiques (cotrimoxazole et pentamidine inhalée) aux personnes dont l'infection par le VIH est avérée, lorsque leur taux de CD4 positifs tombe en dessous de 200.
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