Ce traitement est indispensable après un épisode de PCP ou lorsque le nombre de CD4 positifs est inférieur à 200/microlitre ou à 20 % du nombre total de lymphocytes.
Les agents les plus efficaces sont une combinaison de triméthoprime et de sulfaméthoxazole (cotrimoxazole). Si ce traitement est mal toléré, il est possible d'utiliser de la pentamidine en aérosol ou de la dapsone (la dapsone peut provoquer une anémie hémolytique et est contre-indiquée en cas de déficit en G6PD).
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