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Les mastocytes sont largement répandus dans le tissu conjonctif. Cependant, ils sont concentrés autour des petits vaisseaux sanguins de la peau, des muqueuses et des capsules des organes.
Ils sont nombreux dans le système lymphoïde, en particulier dans le thymus, mais ne sont pas présents dans la rate.
Il est intéressant de noter que le tissu conjonctif du système nerveux central est dépourvu de mastocytes : il s'agit probablement d'une réponse adaptative visant à prévenir l'œdème allergique.
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