La muqueuse de l'œsophage est plissée au repos ; lorsqu'elle est distendue par des bolus alimentaires, les plis disparaissent et la paroi s'aplatit. Les couches de la muqueuse sont, de l'intérieur vers l'extérieur :
- la muqueuse :
- épithélium pavimenteux stratifié non kératinisant
- à la jonction gastro-œsophagienne, fusionne avec l'épithélium cylindrique simple de l'estomac
- tissu conjonctif : forme des papilles qui se projettent dans la lumière
- muscularis mucosae :
- augmente en épaisseur de la partie proximale à la partie distale
- contient :
- des faisceaux de muscles lisses dont le nombre augmente jusqu'à la jonction gastro-œsophagienne
- des glandes œsophagiennes sécrétant du mucus qui s'ouvrent sur la muqueuse par un canal
- des follicules lymphoïdes
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