La phagocytose nécessite tout d'abord la reconnaissance de l'objet cible. Pour la plupart des micro-organismes cibles, cela implique de les recouvrir de substances solubles - les opsonines - qui circulent dans le plasma. Le microbe enrobé d'opsonine peut alors adhérer à la surface de la cellule phagocytaire.
Une fois adhéré, le phagocyte commence à l'engloutir :
Le phagocyte projette lentement des pseudopodes autour de la cible jusqu'à la convalescence de l'autre côté. L'organisme ou la particule piégé(e) est appelé(e) phagosome. Il possède une membrane externe limitante qui s'est détachée de la bicouche lipidique du phagocyte.
L'engloutissement est généralement suivi de la fusion du phagosome avec un lysosome, ce qui déclenche la destruction du phagosome.
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