Contrairement à la glycogène synthase hépatique, la glycogène synthase du muscle squelettique existe sous au moins trois formes interchangeables. Ces formes diffèrent les unes des autres par leur degré de phosphorylation. Une augmentation de la phosphorylation entraîne une diminution de l'activité.
La phosphorylation se produit à différents endroits de la glycogène synthase par 3 enzymes :
Comme la glycogène phosphorylase, la glycogène synthase peut également être déphosphorylée par des enzymes phosphatases. Les enzymes phosphatases peuvent être stimulées par des réductions de la concentration d'AMPc.
Ainsi, la glycogène synthase dans le muscle squelettique peut être stimulée par l'insuline, qui agit en réduisant la concentration d'AMPc. L'inverse est vrai pour l'adrénaline. En raison de l'absence de récepteurs membranaires, le glucagon n'a pas tendance à agir sur le muscle squelettique.
Le calcium libéré lors du couplage excitation-contraction agit sur GSK2 pour réduire indirectement l'activité de la glycogène synthase.
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