La thrombectomie est indiquée lorsque la viabilité du membre est menacée, comme dans la phlegmasia cerulea dolens, en particulier dans les situations où la thrombolyse est contre-indiquée.
La chirurgie a également été recommandée pour les thromboses ilio-fémorales lorsque l'on estime que le risque d'embolie pulmonaire est particulièrement élevé.
La thrombectomie est envisagée lorsque le thrombus est non adhérent et date de moins de 3 jours. Elle doit toujours être suivie d'une anticoagulation pendant 3 à 6 mois.
L'intervention est associée à un risque supplémentaire de thrombose, d'hémorragie et d'embolie pulmonaire.
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