Le principal inconvénient de la tomodensitométrie cardiaque est la dose de rayonnement, qui dépend du type d'imagerie réalisé, mais qui est actuellement à peu près la même que celle d'une angiographie conventionnelle aux rayons X (4-6 mSv) pour un examen cardiaque complet.
la dose a diminué rapidement au fur et à mesure que la technologie s'est développée et devrait encore diminuer à l'avenir
comme pour l'angiographie radiographique de routine, les agents de contraste iodés néphrotoxiques doivent être utilisés avec précaution chez les patients souffrant d'insuffisance rénale.
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