La pathogénie de la gangrène de Fournière est généralement due à un petit foyer infectieux localisé qui submerge la réponse inflammatoire et immunitaire locale. Par conséquent, les organismes virulents sont le plus souvent isolés en présence d'une certaine forme d'immunodépression. En règle générale, l'infection est polymicrobienne et implique :
On pense qu'il existe une synergie entre les organismes infectieux, par exemple un organisme produit des enzymes pour thromboser les vaisseaux cutanés perforants tandis qu'un autre produit des enzymes pour dégrader le fascia. Par conséquent, une nécrose du fascia se propage sous la peau avec un infarctus cutané ultérieur et une nécrose musculaire tardive.
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