Le VIH comporte trois gènes caractéristiques de tous les rétrovirus :
- gag :
- code pour une protéine précurseur (Pr55)
- le clivage produit :
- la protéine matricielle p17
- la protéine de capside p24
- protéine de nucléocapside p9
- p6
- pol codifie les activités de transcriptase inverse, d'endonucléase et de protéase
- env :
- code pour une protéine précurseur p160
- rendements de clivage :
- p41, une protéine transmembranaire qui ancre p120
- p120 se lie de manière non covalente à p41 et joue le rôle de récepteur CD4.
Outre ces gènes typiques, il existe d'autres gènes régulateurs.
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