La division parasympathique du nerf glossopharyngien commence au niveau du noyau salivaire inférieur dans la partie supérieure de la moelle. Ce noyau reçoit des informations de l'hypothalamus et de la formation réticulaire.
Les fibres nerveuses préganglionnaires quittent ce site et passent par le foramen jugulaire avec la composante motrice du IX. Les fibres passent ensuite dans l'oreille moyenne par une fissure de l'os temporal, rejoignent un plexus tympanique de fibres sensorielles, puis rejoignent une branche du nerf facial sous le nom de nerf petrosal inférieur. Le nerf petrosal inférieur sort du crâne par le foramen ovale avant de descendre dans la fosse infratemporale et de se synapser avec le ganglion otique.
Les fibres postganglionnaires du ganglion otique innervent la glande parotide.
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