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La composante motrice du nerf crânien IX commence dans la partie rostrale du noyau ambigu dans la formation réticulaire de la moelle. Le noyau reçoit des informations du cortex.
Le nerf glossopharyngien passe du noyau à travers le foramen jugulaire pour descendre avec le nerf vague latéralement à la paroi pharyngée. Le nerf passe entre les constricteurs supérieur et moyen pour alimenter le muscle stylopharyngien et les constricteurs supérieurs.
Un dysfonctionnement de l'innervation dans la composante motrice du nerf glossopharyngien entraîne un contrôle anormal du palais et du pharynx, et donc une dysphagie.
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