Une véritable malabsorption des protéines est très rare. Il peut y avoir un métabolisme excessif des protéines alimentaires en cas de prolifération bactérienne. Ce phénomène peut être identifié par un test au C-glycocholate marqué. Une entéropathie avec perte de protéines peut être identifiée par la perte d'albumine marquée au chrome.
Il peut y avoir un déficit congénital ou une absence de transporteurs de certains acides aminés à travers la membrane de l'entérocyte. La maladie de Hartnup et la cystinurie en sont des exemples.
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