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Le diagnostic de cette maladie dépend de la mise en évidence d'une activité déficiente de la sucrase et de l'isomaltase dans un échantillon de biopsie de l'intestin grêle. La raison pour laquelle ces deux défauts enzymatiques sont présents ensemble n'est pas connue. L'absence de stéatorrhée et généralement d'atrophie villositaire permet d'exclure la maladie cœliaque. Si une atrophie partielle des villosités est présente, elle redeviendra normale après un régime prolongé sans saccharose, comme le lait, le fromage, la viande, les œufs, la volaille, les graisses animales, le glucose, les légumes et le poisson.
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