- traversé par l'aqueduc qui relie les troisième et quatrième ventricules
- les noyaux des nerfs crâniens :
- nerf oculomoteur et noyaux d'Edinger - Westphal - au niveau du colliculus supérieur ; le troisième nerf émerge de la face ventrale du mésencéphale (entre les pédoncules cérébraux)
- nerf trochléaire - au niveau du colliculus inférieur ; émerge dorsalement
- autres relations dans le mésencéphale :
- noyau rouge - dans le mésencéphale au niveau du colliculus supérieur
- substantia nigra - situé immédiatement derrière les pédoncules cérébraux du mésencéphale
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