E.coli représente 80 % des cas - la plupart sont dus à un sous-ensemble spécifique d'E.coli (souches uropathogènes). Ces souches possèdent des déterminants spécifiques de virulence qui leur permettent d'infecter les voies urinaires supérieures d'individus normaux et en bonne santé.
- Les E.coli uropathogènes appartiennent à un petit nombre de groupes de sérotypes O:K:H. Ils produisent généralement à la fois des hémolyses et des hémorragies. Ils produisent généralement de l'hémolysine et de l'aérobactine. En général, ils possèdent également des pili spécifiques associés à la pyélonéphrite qui facilitent l'attachement aux cellules uroépithéliales.
- d'autres organismes sont généralement associés à une anomalie structurelle, par exemple proteus, staphylococcus, streptococcus, klebsiella, pseudomonas.
- la tuberculose provoque généralement une pyrurie "stérile".
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