Normalmente, um abcesso perianal forma-se em resultado de uma infeção que surge numa glândula perianal. Existem 10 a 15 destas glândulas situadas entre os esfíncteres anais interno e externo. Estas glândulas drenam para pequenas fossas nas bases das colunas anais ao longo da linha dentada. Os canais através dos quais as glândulas drenam são muito pequenos e podem ficar obstruídos pelas fezes, iniciando assim a infeção. O abcesso resultante situa-se entre os esfíncteres anais e tende a apontar para a pele na margem anal. Pode ocorrer uma disseminação lateral para a fossa isquiorrectal ou, raramente, superiormente acima do elevador do ânus para a fossa pararrectal.
Há uma variedade de condições que predispõem a abcessos perianais, incluindo tuberculose, actinomicose, carcinoma mucinoso e doença inflamatória intestinal, especialmente a doença de Crohn.
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