Na embriologia normal, o septo urectal cresce para baixo em direção à membrana cloacal entre o intestino grosso e o alantoide. A fase de falha deste crescimento determina o tipo de anomalia que se desenvolve.
É suposto a membrana anal romper-se às oito semanas de gestação; se isto não acontecer, o resultado é o clássico ânus imperfurado.
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