O doente com uma fístula perianal queixa-se de corrimento intermitente na região perianal, dor ou desconforto na área perianal e irritação crónica.
Ao exame, a abertura externa da fissura é geralmente vista lateralmente ao ânus. A abertura externa pode ser vista como uma pequena papila de tecido de granulação. Note-se que, embora este quadro clínico seja diagnóstico de uma fístula anal, muitas vezes a lesão cutânea aparentemente trivial pode ser diagnosticada como uma pústula. A abertura interna da fístula pode ser sentida no exame rectal.
O exame por proctoscopia pode permitir a visualização direta do orifício interno. Pode ser possível passar uma sonda ao longo do trajeto da fístula para traçar o seu percurso.
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