Fluorescência é a capacidade de uma substância emitir luz dentro do espetro visível. É normalmente o resultado da absorção de radiação electromagnética que pode ou não estar na gama visível.
A microscopia de fluorescência utiliza a capacidade de certas moléculas fluorescerem quando uma fonte de radiação electromagnética, normalmente luz ultravioleta, é absorvida por elas. Existem poucas substâncias naturais que se comportam desta forma, por exemplo, a vitamina A. A principal utilização da microscopia de fluorescência tem sido a aplicação de compostos extrínsecos às células, que consistem numa molécula com propriedades fluorescentes ligada a uma molécula específica de um determinado componente celular. Esta última é geralmente um anticorpo.
Em alternativa, as moléculas lipofílicas com propriedades fluorescentes podem ser aprisionadas nas células através de reacções metabólicas. Um exemplo é o fura-2, um éster que é convertido num ácido no interior da célula; esta molécula altera o seu espetro de fluorescência na presença de cálcio. Esta molécula altera o seu espetro de fluorescência na presença de cálcio. Assim, tem sido utilizada para monitorizar o fluxo de cálcio livre durante acontecimentos como a sinalização por mensageiros secundários.
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