O microscópio eletrónico de transmissão é um aparelho de ampliação que utiliza electrões para atravessar o objeto em estudo. A resolução é mil vezes superior à da microscopia ótica. Os átomos ou moléculas de massa elevada não permitem a passagem dos electrões, o que é detectado numa placa fotográfica ou num ecrã de imagem fluorescente sensível aos electrões como uma diminuição da transmissão desta área em relação a uma área circundante.
Os electrões são produzidos por um filamento metálico aquecido - o cátodo. Ao longo do microscópio, é aplicado um grande potencial elétrico do cátodo para o ânodo. Esta atração por uma região de potencial positivo acelera os electrões num feixe de alta velocidade que é focado por uma série de electroímanes na amostra mantida no vácuo.
A amostra deve ser fixada e corada de uma forma que não perturbe a microestrutura e que também acentue o contraste entre regiões. Por exemplo, os fixadores incluem o glutaraldeído, que preserva as proteínas, e os corantes incluem compostos de ósmio, sendo o metal pesado de massa adequada para impedir a transmissão de electrões. A amostra é fixada em plástico e cortada por um micrótomo com ponta de diamante, de modo a garantir uma secção adequadamente fina que não impeça a passagem de todos os electrões.
As técnicas de fratura por congelação podem ser utilizadas para mostrar grandes detalhes da superfície de uma determinada amostra. O tecido é rapidamente arrefecido a cerca de -200 graus Farenheit e depois clivado com um golpe forte. A energia literalmente fratura as ligações moleculares ao longo dos planos do tecido, por exemplo, através da superfície da membrana celular. Uma das superfícies fracturadas é então revestida com uma película de metal pesado e é este molde que é visualizado ao microscópio eletrónico.
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