A acumulação de placa dentária associada à periodontite provoca um aumento da flora bacteriana. Verifica-se uma mudança para bastonetes Gram negativos, anaeróbios, espiroquetas e outras formas móveis de bactérias.
Nas bolsas periodontais, foram identificadas até 300 espécies de bactérias; a periodontite agressiva tem sido associada aos seguintes organismos específicos:
- Actinobacillus actinomycetemcomitans
- Porphyromonas gingivalis
- Bacteriodes forsythus
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