Os fagócitos também podem matar os micróbios engolidos por mecanismos que não envolvem o metabolismo aeróbico. Estes incluem a redução do pH nos fagolisossomas pela ação de hidrolases ácidas.
Além disso, existe uma variedade de enzimas nos grânulos dos neutrófilos que ajudam a destruir os micróbios, por exemplo
- lisozima: hidrolisa o revestimento bacteriano de glicopeptídeos
- lactoferrina: proteína de ligação ao ferro que o afasta das enzimas microbianas
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