Os protozoários são classificados em três filos, com a seguinte subdivisão
- sarcomastigophora
- sarcodíndios - amebas
- mastigóforos
- intestinal - giardia
- genital - trichomonas
- sangue e tecidos - tripanossoma e leishmania
- ampicomplexa - esporozoários
- sangue - espécies de plasmodium
- tecidos - toxoplasma
- intestino - cryptosporidium (þ pulmão - pneumocystis foi recentemente reclassificado como um fungo)
- ciliophora
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