A terapia medicamentosa é determinada pela existência ou não de envolvimento do sistema nervoso central:
- tripanossomíase sem envolvimento do SNC:
- a suramina é o medicamento de primeira linha, mata os parasitas no sangue, no sistema linfoide e na medula óssea, mas não penetra no SNC
- a pentamidina é um agente de segunda linha
- tripanossomíase com envolvimento do SNC:
- o melarsoprol mata os parasitas periféricos e centrais, mas é tóxico
- A eflornitina é um novo medicamento que pode ser utilizado em infecções do SNC com T. gambiense
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