A investigação padrão de ouro na suspeita de sobrecrescimento bacteriano do intestino delgado é a aspiração do intestino delgado. O teste é invasivo e tem uma taxa significativa de falsos negativos.
A aspiração do intestino delgado é convenientemente efectuada quando está a ser realizada uma biopsia para excluir outras causas de má absorção; utilizando uma cânula pré-esterilizada e embainhada, as amostras de 2 ml devem ser transportadas rapidamente para o laboratório para cultura aeróbia e anaeróbia.
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