- atresia do esófago - o bebé apresenta-se com engasgamento em vez de vómitos
- estenose pilórica - a bílis está ausente do vómito; existe um "tumor" pilórico geralmente palpável; o início é mais tardio (3-4 semanas) do que a atresia duodenal (ao nascimento)
- obstrução intestinal congénita: há distensão abdominal; a radiografia abdominal revela caraterísticas de obstrução.
A radiografia simples do abdómen é diagnóstica e mostra uma distensão do estômago e do duodeno proximal com ausência de gás no resto do intestino.
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