A estrutura do apêndice é efetivamente a do intestino grosso - serosa, muscular, submucosa e mucosa. O apêndice tem grandes colecções de tecido linfoide na lâmina própria que se projecta para o lúmen do apêndice. Estas colecções são particularmente acentuadas na infância e diminuem com a idade.
A mucosa do apêndice é revestida por epitélio colunar e contém um grande número de células endócrinas gastrointestinais - argentafina - bem como células caliciformes. O apêndice é um local comum de tumores carcinóides que surgem a partir de células de argentafina.
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