A intervenção medicamentosa na diarreia não é frequentemente recomendada, uma vez que o tratamento com antibióticos pode, por si só, conduzir a uma colite pseudomembranosa.
Nos casos de Giardia lamblia e de disenteria amebiana, é administrado metronidazol.
No tratamento da diarreia, o fator mais importante é a manutenção da hidratação, ou seja, a terapia de reidratação oral.
Talvez um tratamento profilático importante da diarreia seja encorajar o aleitamento materno - a IgA materna, a lactoferrina, os neutrófilos e os macrófagos contribuem todos para a proteção contra a diarreia.
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