A doença de Hirschsprung é causada por uma falha no desenvolvimento dos plexos parassimpáticos de Auerbach e Meissner no intestino. As células ganglionares estão sempre ausentes da junção anorrectal e a extensão do défice mais proximal determina a gravidade da doença. Na ausência de inervação parassimpática, o intestino é aperistáltico e espástico. Assim, o megacólon dilatado é histologicamente normal, sendo a distensão o resultado de uma obstrução intestinal mais distal.
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