A extração endoscópica de cálculos da árvore biliar pode ser efectuada depois de uma esfincterotomia adequada ter criado uma abertura suficientemente ampla para a passagem dos cálculos. Os cálculos com mais de 1,5 cm requerem meios de fragmentação antes de se tentar a sua remoção. Isto pode implicar a dissolução química através de um cateter, por exemplo, éter metilterbutílico (MTBE) para cálculos de colesterol, ou litotripsia, por exemplo, electro-hidráulica endoscópica, laser pulsado endoscópico ou meios de ondas de choque extracorporais.
No caso de cálculos mais pequenos no ducto biliar comum, um cateter com ponta de balão é passado para além do seu local, distendido e depois puxado proximalmente. O efeito é empurrar os cálculos para fora, para o duodeno. Em alternativa, pode ser utilizado um cesto de arame do tipo "Dormia". Este é empurrado para além dos cálculos e depois aberto. Em seguida, é puxado proximalmente para prender os cálculos.
Se um cálculo for deixado in situ, tanto os cateteres nasobiliares como os stents biliares têm sido utilizados com sucesso para permitir a drenagem durante diferentes períodos de tempo.
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