Para confirmar um caso de atresia do esófago, um cateter de borracha macia de calibre francês tamanho 10 é passado para o esófago através da boca. Em casos de atresia, o cateter não pode ser passado a mais de 10-12 cm das gengivas. Note-se a armadilha prática de um cateter mais pequeno ser aparentemente passado, mas que na realidade se enrola, sem ser notado, na faringe.
Os exames para confirmar o diagnóstico incluem radiografias torácicas e abdominais. No caso de uma fístula traqueo-esofágica, por exemplo, observa-se a presença de ar no estômago e no intestino delgado. Não é aconselhável utilizar meios de contraste devido ao risco de aspiração no caso de existir uma fístula.
A radiologia do tórax também pode revelar anomalias cardíacas, sendo provavelmente indicado um ecocardiograma, uma vez que o cirurgião precisa de saber se a aorta está do lado correto.
Uma radiografia mostra a sonda naso-gástrica enrolada na bolsa esofágica superior, com ou sem gás no estômago e no intestino.
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