Microscopicamente, os mastócitos têm uma forma ovoide e possuem um núcleo pequeno e esférico que é virtualmente inundado pelos grânulos citoplasmáticos circundantes. Os grânulos coram-se fortemente com corantes básicos.
O estudo ultra-estrutural revela pouca maquinaria de síntese no citoplasma, por exemplo, uma escassez de mitocôndrias. Os grânulos são semi-cristalinos e limitados à membrana. Contêm uma série de substâncias activas que são libertadas aquando da desgranulação.
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