Os mastócitos encontram-se em todo o tecido conjuntivo. No entanto, concentram-se em torno de pequenos vasos sanguíneos na pele, nas membranas mucosas e nas cápsulas dos órgãos.
São numerosos em todo o sistema linfoide, particularmente no timo, mas não estão presentes no baço.
Curiosamente, o tecido conjuntivo do sistema nervoso central é desprovido de mastócitos: presumivelmente uma resposta adaptativa para evitar o edema alérgico.
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