O diagnóstico diferencial inclui:
- choque hemorrágico e encefalopatia. A diferenciação é feita através da medição da amónia - muito elevada na síndrome de Reye, apenas ligeiramente elevada no choque hemorrágico e na encefalopatia, e da biopsia hepática, que mostra invariavelmente infiltração gordurosa na síndrome de Reye, raramente no choque hemorrágico e na encefalopatia
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