O trimetoprim inibe a enzima dihidrofolato redutase, que está envolvida na conversão do ácido fólico em ácido folínico (tetrahidrofólico). A inibição da enzima é 50000 vezes maior nas bactérias do que no Homem, pelo que o trimetoprim é relativamente seguro, embora a utilização prolongada com doses completas possa interferir com a hemopoiese.
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