As complicações incluem:
- insuficiência cardíaca - é causada pela sobrecarga de fluidos do(s) ventrículo(s) afetado(s).
- endocardite infecciosa - o risco de desenvolver esta doença está relacionado com o grau de rugosidade do endocárdio devido aos jactos de sangue de alta velocidade. O risco é elevado com um defeito do septo ventricular pequeno, mas muito baixo com um defeito do septo atrial grande.
- aumento da resistência vascular pulmonar - os shunts da esquerda para a direita causam pressão arterial pulmonar e fluxo sanguíneo pulmonar excessivos. Estas caraterísticas causam danos progressivos no leito vascular pulmonar com espessamento medial das artérias pulmonares e, mais tarde, alterações da íntima que aumentam a resistência vascular pulmonar e limitam o fluxo sanguíneo para os pulmões. As alterações acabam por se tornar irreversíveis, mesmo que a causa do stress vascular seja aliviada através do encerramento do shunt esquerdo-direito; trata-se da síndrome de Eisenmenger.
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