A teoria subjacente à utilização de antibióticos locais para a doença periodontal é que uma concentração elevada e sustentada de antibiótico é atingida no local pretendido com poucos efeitos sistémicos. Os géis antibióticos são um exemplo de um agente local; são introduzidos com uma seringa diretamente na bolsa da doença.
Exemplos de preparações disponíveis no mercado incluem o gel de minociclina e o gel de metronidazol. Não há provas claras de que qualquer um destes agentes seja melhor do que o desbridamento convencional apenas para áreas superficiais de inflamação.
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