A ECMO tem problemas associados aos ensaios clínicos de eficácia:
- o paciente é incapaz de consentir ou recusar o tratamento por si próprio - o fornecimento de terapia padrão e reconhecida é legal e eticamente obrigatório
- o tratamento inovador/experimental é restringido por regulamentações legais e éticas
- foi sempre comparado com controlos históricos de tratamentos convencionais, mas estes últimos melhoraram
As seguintes complicações ainda não foram confirmadas como ocorrendo com maior frequência:
- insuficiência renal devido a trombose da aorta
- edema grave e hemorragia das zonas cirúrgicas
- hemorragia intraventricular e intracraniana
- sequelas neurológicas, por exemplo, perda auditiva neurossensorial
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