Estes incluem o diagnóstico de:
- infeção - especialmente meningite, embora em casos altamente suspeitos clinicamente, a punção lombar não deva atrasar o tratamento
- hemorragia subaracnóidea - a punção lombar está indicada apenas nos casos de HSA que sejam negativos na TAC. Idealmente, deve ser efectuada 6 horas após o início da hemorragia, para garantir que o sangue já atingiu a região lombar
- doenças inflamatórias:
- Síndrome de Guillain Barre
- lúpus eritematoso sistémico
- sarcoidose
- síndrome de Behcets
- esclerose múltipla
- doença maligna:
- linfoma
- leucemia
- doenças paraneoplásicas
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