O seio venoso trombosado apresenta inicialmente um coágulo solto e vermelho que, com o tempo, se torna pálido e aderente às paredes do vaso. Em caso de etiologia infecciosa, o próprio coágulo pode ficar colonizado e esta infeção pode propagar-se localmente para as leptomeninges ou para um abcesso, ou sistemicamente através de êmbolos sépticos.
O território do seio afetado apresenta um edema congestivo e mesmo um enfarte venoso hemorrágico.
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