Os estudos de ligação familiar baseiam-se no princípio da ligação genética: dois fragmentos do genoma que se encontram próximos um do outro num cromossoma parental serão encontrados juntos na descendência com maior frequência do que a prevista pelo acaso.
Por conseguinte, nos estudos de ligação, são considerados dois genes. Um é o gene para a caraterística da doença, cujo locus não é conhecido. O outro é um marcador de traço, cujo locus é conhecido. Exemplos de traços marcadores são os grupos sanguíneos e os polimorfismos das enzimas séricas.
Quanto mais frequentemente o traço de doença e o marcador aparecerem juntos em pedigrees, mais provável é que estejam muito próximos num cromossoma. Se os loci da doença e do marcador estiverem em cromossomas diferentes, então é tão provável que ocorram separados como juntos na descendência, de acordo com as regras da seleção independente.
Logicamente, é necessário analisar um grande número de indivíduos antes de a ligação atingir significado estatístico. Isto é expresso como o logaritmo das probabilidades, ou Lod, score.
Se a posição de um gene for determinada em relação a dois marcadores, o seu locus relativo ao longo de um cromossoma pode ser deduzido. Uma variável de confusão que deve ser considerada em tais cálculos é o cruzamento de genes na meiose entre pares de cromossomas.
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