O princípio da hibridação in situ consiste em utilizar ADN ou ARN marcado do gene de interesse para identificar um segmento correspondente no genoma. Este pode ser apresentado como uma posição separada num cromossoma ou como uma área marcada numa célula individual ou numa região de um tecido.
O ADN do gene pode ser sintetizado por clonagem complementar de ADN a partir de ARN mensageiro ou por isolamento do ADN a partir de uma biblioteca específica de cromossomas. O ADN é transformado numa cadeia única antes de ser radiomarcado e depois adicionado a uma preparação cromossómica padrão.
A sequência de ADN complementar é revelada por autoradiografia ou imagem fluorescente.
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